牡丹江醫(yī)學(xué)院由1946年始建的牡丹江專區(qū)醫(yī)院、1956年始建的黑龍江省衛(wèi)生干部進(jìn)修學(xué)校于1958年共同創(chuàng)建，是黑龍江省東南部地區(qū)唯一一所省屬普通本科醫(yī)藥院校,著名歷史學(xué)家郭沫若先生題寫了校名。

1997年一次性通過教育部本科教學(xué)合格評價(jià)。2006年在教育部本科教學(xué)水平評估中，專家組給予了優(yōu)秀評價(jià)，全國評價(jià)為良好。2010年被列為黑龍江省特色應(yīng)用型本科高校建設(shè)單位。2012年被評為全國首批卓越醫(yī)生教育培訓(xùn)計(jì)劃項(xiàng)目試點(diǎn)高校。2013年獲得碩士學(xué)位授予權(quán)。2015年，被授予“全國文明單位”稱號，在教育部臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)認(rèn)證中獲得了6年有效期，居地方醫(yī)學(xué)院校領(lǐng)先水平。2016年，在國家本科教學(xué)審核評估中獲得專家組高度評價(jià)。